慎太郎は、子供の頃から利発で豪胆、物心のつく頃から父に厳しく躾けられ、4歳になると寺の住職から教えを受けるようになり、7歳で、2里(約8km)離れた隣村の塾へ片道2時間かけて四書の講義に通い、14歳になる頃には塾の講師代役を勤める神童ぶりだったそう。

慎太郎はまた、間崎哲馬（滄浪）に入門して経史を学んだが、同門に吉村寅太郎、岩崎弥太郎などがいたということ。

そして嘉永6年（1853年）、安芸郡奉行所に藩校田野学館が併設開校。生徒数は約50人で、漢学、習字、弓術、砲術、槍術、剣術、柔術、練兵の授業を行い、高知の致道館と並んで土佐の藩校として、慎太郎の他には、清岡道之助、清岡治之助等、数多くの人材を輩出。

慎太郎は安政元年（1854年）入学、翌年、出張稽古に来た武市半平太瑞山に出会い、剣術を学んで弟子となり、村を出て城下の武市の道場に入門、高知城下で2年暮らして歴史や兵学、西洋砲術などを学び、武市の親友で3歳年上の坂本龍馬とも知り合ったということ。安政4年（1857年）、19歳のとき、慎太郎は野友村庄屋利岡彦次郎の長女兼（かね）15歳と結婚。

文久元年（1861年）、武市が結成した土佐勤皇党に加盟して、本格的に志士活動に。

安政5年（1858年）、慎太郎は、20歳のころから「大庄屋見習い」としての仕事を老齢の父小伝次から引継ぎ、北川郷の治政に携わることに。

「陸援隊始末記」などによれば、安政4年（1857年）、慎太郎が父の病で実家へ戻った家へもどった翌年、南海トラフ大地震で被害を受けた村の復興に尽力。自家の田畑を抵当に入れて借りたお金で飢えた村民に米を配り、さつまいもを500貫ほど集めたが、それでは足りず、飢饉のときに開ける貯蔵米の倉を開けてもらおうと高知まで行き、国家老桐間蔵人の屋敷を訪ねたが、夕方だったので取次いでもらえず。しかたなく門で朝まで待っていたら、早朝散歩に出た桐間家老が慎太郎を見付けて事情を聞き、慎太郎の必死の陳情にすぐさま倉を開けて村民の救済が出来たそう。村民はこの慎太郎の恩を忘れず、明治45年に顕彰碑を。

また、慎太郎の北川郷は、川の両側すぐに山がせまる地形で農地の確保が簡単ではなく、山林の権利も豪商に握られ、川の氾濫もしばしば起こる悪条件の土地だったので、耕地整理や、ロウを採るための櫨（ハゼの木）の栽培、杉や漆などの売れる木の植林という施策を行ったということ。慎太郎は大庄屋として、民政家の資質もあったようで、「光次（慎太郎の前名）の並木」と呼ばれた植林の一帯が残っていたり、塩の代わりにと慎太郎が育成を奨めたが、当時は栽培が難しかった柚子は、現在は北川村どころか高知県の特産品に。

尚、中岡家は地元の有力な庄屋で、名字帯刀を許された郷士の身分、土佐の庄屋は幕府に批判的で幕末以前のはやくから庄屋連盟を結び、勤王思想を持ち、百姓は天皇の家来で藩主の私有ではないという思想を持っていたということで、脱藩して志士になったものも多く、慎太郎もそう言う考え方を持っていたよう。

文久3年（1863年）、京都では8月18日の政変が起き、攘夷派の公卿三条実美（さねとみ）らが失脚、朝廷から追放された三条ら七卿は都落ちして長州藩の領内へ。その直後には土佐藩でも土佐勤王党が藩の弾圧にあい、武市半平太瑞山らが捕縛される事態に。慎太郎は、長州の様子を見に行き一旦帰国したが、危険を感じて脱藩して長州へ逃れたということ。

同年9月、長州藩に亡命。脱藩後、慎太郎は尊皇攘夷派の志士たちから武市半平太瑞山の正当な後継者とみなされて、長州藩内で同じ境遇の脱藩志士たちのまとめ役となり、周防国三田尻に都落ちしていた三条実美の随臣（衛士）を務めて招賢閣の会議員にも推され、長州や各地の志士たちとの重要な連絡役も果たしたそう。元治元年（1864年）には、中沼了三塾に入門して薩摩藩の中村半次郎（桐野利秋）らの知遇を得るなど、人脈も開拓。

慎太郎は、元治元年（1864年）の新年早々から、長州藩の形勢挽回をはかるため、京に上って長州藩邸を根城として潜伏し、行動を起こすことに。慎太郎は、来島又兵衛を説得できず国元を出奔してきた高杉晋作らと、公武合体派の首魁の差綱藩主の父島津久光暗殺を計画するが、実行できず。そして、西郷信吾（従道、隆盛の弟）ら薩摩藩士とも面識を得、浪士を結集させて決起を計画したが叶わず。

長州に戻って再起を図ったのが5月で、三田尻を出て京へ向かったのが6月7日、池田屋の変が6月5日で、慎太郎は多くの同志を失うことに。そして京に入った慎太郎は再び長州藩邸に入って、長州の「進発論」が決定すると、天龍寺の国司、来島隊の陣営に入って禁門の変で遊撃隊として出陣、負傷。また、第一次長州征伐中は禁門の変で自刃した真木和泉に代わり、忠勇隊総督も務めたということ。

慶応3年（1867年）2月、慎太郎は、龍馬と共に土佐藩から脱藩罪が赦免に。その後、薩土同盟についても奔走、5月21日、土佐藩の乾退助（板垣退助）と薩摩の小松帯刀、西郷隆盛との間で、武力倒幕のための薩土密約の締結に成功。そして
更に本格的に取り込むために、6月22日には京都三本木料亭「吉田屋」で薩摩の小松帯刀、大久保利通、西郷隆盛、土佐の寺村道成、後藤象二郎、福岡孝弟、慎太郎、坂本龍馬との間で、倒幕・王政復古の実現のための薩土盟約が締結。

この薩土盟約は、長州藩の隣藩である安芸藩を加えて薩土芸三藩約定書に拡大発展。とはいえ薩土同盟、薩土芸同盟は、翌年1月の鳥羽伏見の戦いで薩摩と長州による官軍の優勢が判明するまでは、実質的威力に乏しかったということ。

しかしこの同盟があればこそ、明治維新での土佐藩が、薩摩、長州と並ぶ主要勢力とみなされ、明治政府での藩閥に土佐出身者が重要な位置を占めることにつながったということ。

慎太郎は慶応2年（1867年）12月25日の孝明天皇崩御後、朝廷工作の出来そうな公家がいないか三条実美と相談、謹慎中の岩倉具視は奸物といわれたが有能そうだということで、人物眼には定評のある慎太郎が実際に会って判断することに。慎太郎は翌年の4月21日　岩倉具視に初めて会うために三条の手紙を持ち、隠棲中の洛北岩倉村を訪ねて人物試験をしたところ、岩倉は慎太郎が思った以上に「神のごとき陰謀の才」があり、また岩倉の方も慎太郎を天下のことを一緒にやれる人物と見込んだということ。以後、岩倉は表舞台に登場し、活躍することに。

そして慎太郎は、もうひとり、江戸で洋兵修業していた乾退助（板倉）も京都へ呼び寄せて、西郷や色々な人に宣伝して回り表舞台に登場させたと司馬遼太郎著「竜馬がゆく」に。慎太郎はかつて、退助を斬ろうとしたことがあり、未遂に終わったが、文久2年（1862年）一時高知に帰ったときに退助に会いに行った慎太郎に、「君は以前、京都で私を斬ろうとしただろう」と退助に言われて、はじめはしらを切ったが「中岡慎太郎は、男であろう」と迫られたため、「いかにも」と正直に打ち明けると、互いに胸襟を開いて仲良くなったということで、その後退助は慎太郎の影響を受けて兄事していたそう。退助はその後、戊辰戦争で活躍することに。

慶応4年（1867年）6月27日、慎太郎は、長州で見聞した奇兵隊を参考に浪士達の保護と、いざという時の遊軍としても備えるべく、土佐藩公認の陸援隊を組織して、自ら隊長となり、白川にあった土佐藩邸を本拠地に。またこの頃、討幕と大攘夷を説いた「時勢論」を書いたそう。

慎太郎はこの陸援隊の隊長として横山勘蔵の変名を使い、他には田中顕助、大橋慎三、香川敬三などが参加、岩倉具視の意向も働いていたようで、薩摩の軍官による調練も行われたということ。慎太郎が変名を使ったのは、慎太郎は強硬な倒幕論者として新選組にマークされていて、探索つまりスパイを警戒してのこと。

同年11月15日、慎太郎は、陸援隊士が起こした事件について相談するために、京都四条の近江屋に坂本龍馬を訪問中、何者かに襲撃され瀕死の重傷を。龍馬は即死ないし翌日未明に息絶えたが、慎太郎はその後2日間生き延び、暗殺犯の襲撃の様子について谷干城などに詳細に語ったものの、11月17日に死去、享年30歳。