「フロイス日本史」によれば、フロイスは天文17年(1548年)3月に、2ヶ月間の研修を経てからインドに向かってリスボンを出帆、10月にゴアに到着後、聖パウロ・コレジオで研鑽を積み、ゴアやマラッカでの宣教活動について詳細な記述を残すなどで文才を発揮していました。

またイエズス会創設者の一人で、日本へ宣教に行く直前だったフランシスコ・ザビエルと日本人協力者ヤジロウと出会ったことが、フロイスのその後の人生を決定したのですね。そしてフロイスは天文23年(1554年)、ベルショール・ヌーネス・バレト師とともにマラッカへ赴いて日本を目指したが果たせず、3年後にはゴアに戻ったそう。

フロイスは永禄4年(1561年)に司祭に叙階し、学院長、管区長らの秘書を務めつつ、東アジアから届きヨーロッパに送られる文書の係として日本事情に詳しくなり、日本への布教を夢見ていたそうです。

永禄12年（1569年）、フロイスは、将軍足利義昭を擁して上洛し、台頭してきた織田信長と、二条城の建築現場で初めて出会いました。信長は、既存の仏教界を嫌っていたことや、南蛮文化の新しもの好きということもあって、フロイスは信長の信頼を獲得、畿内での布教を許可されて、宣教師のグネッキ・ソルディ・オルガンティノなどと共に布教活動を行って、多くの信徒を得、信長の居城のある岐阜を訪問して布教活動を行ったそう。

後にフロイスが著した「日本史」などでも、信長とフロイスはその後も何度も会い、フロイスから見て信長は異教徒ではあるが、かなり好意的な記述がされているということ。

フロイスは、その後、九州での布教活動で活躍、日本語も達者になったようで、天正8年(1580年）、巡察師アレッサンドロ・ヴァリニャーノが来日したときは通訳として視察に同行して安土城で信長に拝謁し、その後は越前北の庄も訪問。

天正11年(1583年)に本能寺の変が勃発してフロイスらに好意的だった信長が倒されて、その後、豊臣秀吉が天下を統一し、当初、秀吉は信長の対イエズス会政策を継承したものの、天正15年(1587年)6月、伴天連追放令を発令。フロイスは畿内を去り、加津佐を経て大村領の長崎に落ち着いたということです。

天正7年(1579年)に、ポルトガル国王エンリケ1世の命令で、イエズス会司祭のジョヴァンニ・ピエトロ・マフェイが「ポルトガル領東インド史」の編纂を開始したとき、イエズス会総長を通じて、当時、インドと日本からの通信者だったフロイスに対して、同年11月に日本でのキリスト教布教史を書くよう依頼しました。
これはヨーロッパから日本布教に赴くための資料にするためで、天正11年(1583年)にフロイスは口之津でこの指令を受取ったあと、布教活動の第一線から退き、10年以上にわたって1日10時間以上もかけたりして執筆にあたることに。

そして翌年には、第1巻の「日本総記」（現在は「日本総論」の目次を除いて喪失）を書き上げ、天正13年(1585年)には「日欧文化比較」も加津佐で執筆、天正14年(1586年）には「日本史1549年から1578年」の部がほぼ完成、ガスパル・コエリョと共に五畿内をまわって、大坂城で豊臣秀吉に謁見したということです。

天正18年(1590年）、天正少年遣欧使節が帰国し、マカオから一緒にヴァリニャーノが再来日したので、フロイスは通訳として同行して聚楽第で秀吉と会見、文禄元年(1592年）にはヴァリニャーノと一時マカオに渡り、そこで天正遣欧少年使節についての記述を完成させました。

またフロイスの「日本史」もマカオで完成し、イエズス会の総長クラウディオ・アクアヴィーヴァに送られたのですが、フロイスの記述様式をヴァリニャーノは快く思わず、長すぎるから短くしろと命令されてフロイスは拒否。しかし、ヴァリニャーノが冗長すぎと嫌った事細かい描写が、歴史資料として貴重なものになっているということ。

フロイスは文禄4年(1595年）に再び長崎に戻り、慶長2年( 1597年）、「26聖人の殉教記録」を最後に、5月に大村領長崎のコレジオで65歳で死去。尚、フロイスの墓所は不明。

「彼は善き理性と明晰な判断力を有し、神および仏のいっさいの礼法、尊崇、ならびにあらゆる異教的占卜や迷信的慣習の軽蔑者。形だけは当初法華宗に属しているような態度を示したが、顕位に就いて後は尊大にすべての偶像を見下げ、若干の点、禅宗の見解に従い、霊魂の不滅、来世の賞罰などはないと見なしていた。」

「彼はもはや、自らを日本の絶対君主と称し、諸国でそのように処遇されることだけに満足せず、全身に燃え上がったこの悪魔的傲慢さから、突如としてナブコドノゾール（紀元前12世紀のバビロニア王）の無謀さと不遜に出ることに決め、自らが単に地上の死すべき人間としてでなく、あたかも神的生命を有し、不滅の主であるかのように万人から礼拝されることを希望」と、「ルイス・フロイス日本史」にあり、フロイスはまた信長を「きわめて稀に見る優秀な人物で、非凡な司令官として、大いなる賢明さで天下を統治した者」として、高く評価。

安土城では信長がちょっと手招きするだけで家臣がわらわら登場、二条城工事現場で婦人にちょっかいを出す人夫をその場で成敗するなどの生々しい目撃談も。

信長が築城後、わずか3年で本能寺の変後に焼失してしまったため、なんと安土城の様子を知る貴重な見聞録がフロイスの著書になるということ。

「中心には、彼らがテンシュと呼ぶ一種の塔があり、私たち(ヨーロッパ)の塔より気品があり壮大な建築で、この塔は七重からなり、内外共に建築の妙技を尽くして造営。事実、内部にあっては、四方に色彩豊かに描かれた肖像たちが壁全面を覆い尽くしているそう」

「外部は、これらの階層ごとに色が分かれていて、あるものはこの日本で用いられている黒い漆塗りの窓が配された白壁であり、これが絶妙な美しさ。ある階層は紅く、またある階層は青く、最上階は全て金色。このテンシュは、その他の邸宅と同様に我らの知る限りの最も華美な瓦で覆われ、それらは青に見え、前列の瓦には丸い頭が付いたものも。屋根にはとても気品のある技巧を凝らした形の雄大な怪人面の瓦も」

「優秀な武将で戦闘に熟練していたが、気品に欠け、身長が低く、醜悪な容貌の持ち主。片手には6本の指があり、眼がとび出ており、支那人のように鬚が少ない。極度に淫蕩で、悪徳に汚れ、獣欲に耽溺。抜け目なき策略家」

「ルイス・フロイス日本史」にはこう書いてありますが、秀吉が多指症だった(右手の親指が2本あった)というのは前田利家の話としても残っているそう。

「信長の宮廷に十兵衛明智殿と称する人物がいたが、その才略、思慮、狡猾さにより信長の寵愛を受けることとなり、主君とその恩恵を利することをわきまえていたということ。殿内にあって彼はよそ者で、ほとんど全ての者から快く思われていなかったが、寵愛を保持し増大するための不思議な器用さを身に備えていたそう」

「彼は裏切りや密会を好み、刑を科するに残酷で独裁的でもあったが、己を偽装するのに抜け目がなく、戦争においては謀略を得意とし、忍耐力に富み、計略と策謀の達人で、築城のことに造詣が深く、優れた建築手腕の持ち主で、選り抜かれた熟練の士を使いこなしていた。」

と「ルイス・フロイス日本史」にあるのが、明智光秀に関しての評判で、このほかにも光秀は人を欺く方法を知っていると吹聴したり、信長に対しておべっかを使い、信長の嗜好や希望を調べつくして逆らわないようにして、信長の前では空涙を流すことも辞さないとまで。

「フロイスの日本覚書」には、非常に細かい日常生活のことまで、ヨーロッパと日本との違いがあげられています。

例えば「ヨーロッパ人の子供は4歳ではまだ一人で食べることが出来ないが、日本人の子供は３歳でもう箸を使って食べる」とか、「ヨーロッパ人の子供はまず初めに読むことを習い、次いで書くことを教わるが、日本人の子供はまず書くことを習い、その後に読むことを学ぶ」、「ヨーロッパでは言葉の明瞭であることが求められて曖昧な言葉は避けるが、日本では曖昧な言葉が一番優れた言葉とされる」など、ほかにも大変興味深いものばかり。

フロイスは慶長2年(1597年)2月の長崎の26聖人殉教事件を目撃し、3月に報告書を作成して送ったものの、正式な報告書とはみなされずにバチカンの文書館で忘れられていたが、1936年に発見されて復刻刊行されたそう。この報告書によって研究者の疑問点がいくつも明白となり、殉教の場所も特定されたために、1956年、西坂の丘が長崎の史跡として認められて、26聖人のモニュメントが造られたということです。