右近の父が仕えていた摂津国滝山城主松永久秀が大和国に侵攻、永禄3年(1560年）に宇陀郡の沢城を陥落させたのちに、右近の父友照はその城主に。友照は、最初は主君の松永久秀と同じくキリスト教を迫害する立場だったそう。

で、永禄6年（1563年）、イエズス会の宣教師ガスパル・ヴィレラの堺訪問を知った大和の国の僧たちが、領主の松永久秀に宣教師の追放を依頼。久秀は宣教師と仏教関係者を議論させ、キリスト教の不審な点をあげて追放しようと画策したのですね。そこで公卿で儒者だった清原枝賢(えだかた、細川家の親戚でガラシアの侍女清原マリアの父)に議論の相手をさせ、仏教に造詣の深い友照と結城忠正を討論の審査役で討論の場を設けたそう。キリシタン側は日本語のたどたどしいヴィレラに代わり、盲目の琵琶法師だった日本人宣教師のロレンソ了斎が議論を行いましたが、なんと右近の父友照と結城忠正の審査役のほうがキリスト教の教えに感化されてしまい、その年のうちに友照はヴィレラを沢城に招き、嫡子で10歳だった右近以下、家族、家臣たちとともに洗礼を受けたということ。

右近の洗礼名はポルトガル語で「正義の人、義の人」を意味するジュスト（ユストとも）、ジュスト右近と呼ばれるように。尚、清原枝賢、結城忠正も感化されまくって洗礼を受けたそう。そしてこれまで禅宗を厚く信仰していたらしい右近の父はキリスト教の保護、普及に熱心となり、外国人宣教師たちから絶大な信頼を得て、宣教師ルイス・フロイスに「都地方の柱」と評され、右近も父と同様に熱心なキリシタンとなったということです。

永禄7年(1564年）に三好長慶の死亡後、三好氏は内紛などで急速に衰退し、右近の高山家の本来の所領がある摂津国でも豪族の池田氏、伊丹氏などが台頭。右近父子の主君松永久秀は中央での政争に敗れ、右近父子も攻め込まれて一時逃走したが、のちの15代将軍足利義昭の側近だった和田惟政に救われたそう。

永禄11年（1568年）に織田信長の強力な軍事力の庇護で、流浪の足利義昭が室町幕府15代将軍に就任後、義昭は摂津国の土着領主の入江氏を滅ぼして直臣の和田惟政を高槻城に置き、伊丹親興、池田勝正の3人を摂津守護に任命。右近父子は以後和田惟政に仕えることになり、右近の妹は和田惟政の正室に。

しかし元亀2年(1571年)、和田惟政が池田氏の家臣だった荒木村重と右近の従兄の中川清秀の軍に敗れて討死、村重が池田氏を乗っとる下克上が発生、村重は信長に、摂津国の領有権確保という切り取り勝手を得て、三好氏に接近した伊丹氏を攻め滅ぼし、摂津国は石山本願寺領有の石山周辺（現大阪市）を除いて村重の領有に。

天正6年（1578年）、10月末、右近が与力として従っていた荒木村重が主君織田信長に反乱。村重の謀反を知った右近は翻意させるために妹と息子を村重の有岡城に人質に出し、説得を試みるが失敗。右近は村重と信長の板挟みとなって、尊敬するイエズス会のオルガンティノ神父に助言を求めたところ、「信長に降るのが正義、よく祈って決断を」とアドバイスし、高槻城は要衝の地でもあり、信長は右近を味方につけるために降伏しなければキリシタンを迫害すると通達し、説得役の羽柴秀吉、松井友閑と機内の宣教師達を向かわせたそう。

右近は織田方につく意思だったが、村重に人質達を差し出していることと、父友照らが徹底抗戦を主張して対立、城内の家臣も真っ二つに分かれたが、信長に領地を返上して戦を回避し、そのうえに村重に対しての出兵も回避して人質が処刑されないような打開策として、右近は紙衣一枚で城を出て、信長に降参。

村重は右近の家族や家臣、人質は殺さなかったが、結果的に右近の離脱が村重敗北の大きな要因となり、村重は逃亡、抗戦した右近の父友照は捕縛されて処刑されるところを右近らの助命嘆願もあって越前国へ追放に。越前では柴田勝家から客将として扱われたということ。

信長は、荒木村重の反乱での右近の功績を認めて再び高槻城主の地位を安堵し、摂津国芥川郡を与えて2万石から4万石に加増。同年11月、右近は摂津に出陣した信長に謁見、信長は喜んで着ていた小袖を脱いで与え、名馬、更に黄金30枚を下賜したということで、右近はそのまま有岡城攻略に参加。天正8年（1580年）閏3月、信長が安土城城下に新たに建築した邸宅を諸将に与えたとき、右近にも邸宅が授与。

右近は翌年8月、信長の使者として鳥取城干攻め中の羽柴秀吉の元へ行き、信長秘蔵の名馬3頭を秀吉に授与して帰り、鳥取の情勢を詳細に信長へ報告し、天正10年（1582年）3月には信長の甲州征伐に従ったなど、信長の武将としての役目を果たしています。

天正10年(1582年)6月2日に本能寺の変後に、明智光秀は右近と従兄の中川清秀の協力を期待し、右近にはイエズス会の宣教師オルガンティノを説得させたが協力は得られず、右近は高槻に戻り、中国大返しで無傷の2万の軍勢で超特急で駆け付けた羽柴秀吉の幕下に入ることに。

そして山崎の戦いでは先鋒を務めて、清秀や池田恒興らと共に奮戦、光秀軍を敗走させて秀吉軍の勝利に貢献し、その後の清洲会議では功績を認められ加増されました。また右近は安土のセミナリヨを高槻に移転したということ。その後の右近は、賤ヶ岳の戦いでは岩崎山を守ったが、柴田勝家の甥の佐久間盛政の猛攻で清秀は討死。右近はかろうじて羽柴秀長の陣まで撤退したが、このときに敵前逃亡と勝家への内通を疑われて、天正11年(1583年)5月に一時、秀吉に居城の高槻城を攻められたがすぐ誤解とされて、小牧、長久手の戦い、四国征伐などにも参戦。

右近は父友照の志を受け継ぎ、高槻領内の神社仏閣を破壊して神官や僧侶を迫害したために、高槻周辺の古い神社仏閣の建物と古い仏像が失われたということです。そして領内の多くの寺社の記録には「高山右近の軍勢によって破壊されて一時衰退」などの記述が多く残ることに。

「ルイス・フロイスの日本史」などのキリスト教徒側の記録によれば、右近は領地の住民や家臣に対してはキリスト教への入信を強制しなかったが、大きな影響力を持っていたために領内の住民のほとんどがキリスト教徒となり、廃寺が増えたので寺の素材で教会を建設し、布教活動を支援したり、住民の7割がキリシタンだったといわれています。

また、高槻城下である村人が亡くなったときに、右近は賎民の仕事だ棺桶を担ぐ役目を引き受けて領民を感動させたという話もあり、近年、高槻城跡の地下から見つかったキリシタン墓地の発掘調査が行われたところ、身分にかかわらず埋葬されたことが明らかに。

尚、教科書でおなじみの「フランシスコ・ザビエル像」は、右近の領地であった大阪北部の山深い千提寺（せんだいじ）地区で大正8年(1919年)に発見されたということ。

加賀の前田家の相談役だった右近は、慶長19年(1614年)、徳川家康によるキリシタン国外追放令のために、人々が引きとめたにもかかわらず、同じく加賀に招かれていた小西行長の家臣だった内藤如安忠俊と家族とともに加賀を退去し、長崎から船に乗って百人余りの教徒とともに12月にマニラに到着。宣教師たちのイエズス会への報告などで有名人だった右近は、マニラでスペインのフアン・デ・シルバ総督らから大歓迎されたが、船旅の疲れや慣れない気候のために病気となり、到着から40日後の翌年の1月6日に63歳で死去。

葬儀は総督の指示でマニラ全市をあげて聖アンナ教会で10日間盛大に行われ、右近はイエズス会コレジオのサンタ・アンナ聖堂の近くに埋葬されたが、その後1767年にマニラのイエズス会が閉鎖されたあとに遺骨が行方不明となり、現在も捜索が続いているそうです。尚、右近の家族はその後日本へ帰国。

右近の没後400年となる平成27年（2015年）、日本のカトリック中央協議会が「高山右近は、地位を捨てて信仰を貫いた殉教者」として、福者に認定するようローマ教皇庁に申請､6月18日には教皇庁の神学調査委員会が最終手続きに入り、翌年1月22日に教皇フランシスコが認可。平成29年(2017年)2月7日に大阪府大阪市の大阪城ホールで列福式が執り行われました。