凌海は幼いころから神童と謳われ、6歳で佐渡の相川の修教館に入塾、9才で詩をつくったそう。「胡蝶の夢」によれば、あまりの物覚えの速さに祖父伊右衛門が期待をかけて、よその子と遊ばせずに土蔵の2階に梯子を外して閉じ込めてまで勉強させたそう。

そして嘉永3年（1850年）11歳で祖父伊右衛門に連れられ江戸に出て、唐津藩儒者山田寛に漢学を学び、13歳で奥医師松本良甫の養子である7歳年上の松本良順のもとでオランダ語と医学を学んだということ。

凌海は、記憶力と語学習得能力が抜群で松本良順が目をかけていたが、ほんの子供の頃、遊びながら人間関係の何たるかを学ぶ時期に、祖父が閉じ込めて勉強をさせたため、佐渡島での生活と身分制度がうるさい江戸での生活のギャップも。

また「胡蝶の夢」にこれでもかというほど登場する言動は、どうみても高機能自閉症、アスペルガー症候群で、どこへ行っても顰蹙を買って人間関係で失敗し、ついに松本家を出て良順の父の佐倉の順天堂へ行かされる羽目になり、順天堂でもなじめずにその後は佐渡へ帰ることに。

文久2年(1862年）、凌海は関寛斎とともに「七新薬」を著し、尚新堂から刊行。これは酒石酸とか、ヨードカリ、硝酸銀、キニーネ、サンタニーネ、モルヒネ、肝油などの用法や効果等の略述に日本人医師の経験を加えたもので、当時の医師に必需の本と言われたベストセラーに。

「胡蝶の夢」にはこれだけの名文が書けるうえに外国語の翻訳も出来るのに、なんで凌海は普段の会話で相手の顰蹙を買ってばかりのコミュニケーション障害だったのか、不思議としか言いようがないと記述が。尚、当時は執筆者がお金を払って出版するくらいだったので、ベストセラーになっても印税が入るしくみではなかったそうで、凌海や関寛斎には本が売れても大金は入らなかったそう。

凌海はポンぺから破門され、九州を周遊すると言って長崎を出た後、肥前国松浦郡平戸に行き、ポンぺの医学所に留学していて旧知だった平戸藩医師岡口等伝を訪れて、娘婿に。そして長男司馬亨太郎が生まれ、約2年間平戸で翻訳したりして過ごしたが、この縁組が気に入らなかった祖父伊右衛門が訪問し、佐渡に連れ戻されたということ。

佐渡へ帰った凌海は医業を開業したが、この人は相手に共感できないうえにコミュニケーション障害があること、ポンぺ先生に教わったのに、語学だけでまったく医学の知識は身についていなかったようで、医業は向かずあまりはやらなかったよう。

凌海は、明治元年（1868年）、医学校（現東京大学医学部）の三等教授となり、同3年には小博士、明治5年(1873年)には佐藤尚中とともに大教授となり、日本最初といわれる和独辞典「和訳独逸辞典」を刊行。明治7年(1875年)文部省、宮内省を辞して、翌年、春風社も閉塾。

そして明治9年(1877年)、愛知県から招聘されて「公立病院」、「公立医学講習所」副教師兼訳官に就任し、翌年4月に満期解職まで勤務。名古屋ではいくつか訳書を完成させたが、後に政治家となる後藤新平が書生として凌海からドイツ語を修学。凌海はその後、開業して私立の医学校と病院を設立する計画を持っていたが、結核にかかり、明治12年(1879年)3月、上京の途中、神奈川県戸塚で41歳で死去。

明治初めに医学校（現東京大学医学部）三等教授だったころ、凌海は指定した教科書を買い占めて、学生たちに原価より高く売って利益を得、放蕩していたため、謹慎処分になったそう。

医学校に教師として来たドイツ人医師レオポルト・ミュルレルとテオドール・ホフマンと話したとき、あまりに上手に話すので、あなたはドイツに何年いましたかとか、フランス人の妻よりドイツ語が上手だなど言われ、凌海以外にドイツ語の通訳ができる人はいなかったが、実際には日本から出たことすらなかったということ。

医学校ではウィリアム・ウィリスによる英語での講義が行われたが、凌海以外に通訳できる者がいなかったために、凌海が二日酔いで休むと休講になったということ。

凌海は漢文も精通したため、通訳するとき、日本語にない単語はその場で即座に造語したということで、的確な訳語として、蛋白質、窒素、十二指腸など今も使われているものも多いそう。

後の陸軍軍医監で医学校で凌海と同僚だった石黒忠悳は、語学にかけては凌海ほど偉い人を見たことがない。今(明治時代)と違ってまだ文化の開けない時代なのに、日本語、漢文、オランダ語、英語、ドイツ語の文が書けて、ロシア語にフランス語も話せたなど、実に希世の才と言うべき人。著書の「七新薬」も翻訳の手本と言うべきもので、日本におけるドイツ語学の先陣であると回顧したということ。

石黒忠悳の回顧録によると、明治3年(1870年)、ポンぺの後任のボールドウィンと石黒と凌海が上野に行き、広大な上野を医学校と病院用地にすると話すと、ボールドウィンはこのような場所は公園として残すべきと進言し、オランダ公使からも新政府に文書にして忠告したため、東京大学は加賀藩邸あとに作られることになったそう。

また明治6年(1873年)、西郷隆盛が病気になったとき、明治天皇の命令で東大医学部のドイツ人のホフマン教授が西郷の診察に通訳の凌海と石黒忠悳が同行。西郷はお灸をすえているからと診察を断ったが、凌海が通訳したところ、ホフマン教授は威儀を正して、天皇陛下の命令なので診察するまでは動かないと言ったため、西郷はしかたなく診察を受けて、運動が必要と診断されたということ。

凌海が最後に勤務した公立医学所、愛知病院(現名古屋大学医学部)時代に起居していた、愛知県刈谷市大光院境内には、松本良順による題額の書かれた司馬凌海の碑があるということ。

愛知病院ではお雇い医師オーストリア出身のアルブレヒト・フォン・ローレツの指導で西洋医学が広められたが、ローレツの依頼で柴田芳州による「愛知病院外科手術の図」の画が現存し、ローレツと執刀する後藤新平、そして患者の腕を支える凌海が描かれているそう。

凌海が平戸の岡口等伝の娘との間にもうけた司馬亨太郎（こうたろう)は、後に東京へ出て松本良順らの世話で、ドイツ語学者となり、獨逸学協会中学校8代校長、東宮御用掛、陸軍大学校陸軍教授、学習院教授、逓信官吏練習所教官を歴任したということ。

また、佐渡で結婚した春江夫人との間に生まれ、林家の養女となった囲碁棋士の喜多文子は、女流棋士として初の実力四段で、多くの女流棋士を育て「現代女流碁界の母」と呼ばれ、大正時代の碁界大合同や日本棋院の設立に貢献したということ。