「維新の港の英人たち」サー・ヒュー・コータッツィ著によれば、グラバーは、日英修好通商条約の発効直後の安政6年（1859年）9月に長崎に来て、イギリス領事館に「スコットランドの貿易商K・R・マッケンジーの社員」及び「ジャーデン・マセソン商会の代理人」として登録。そして2年後の文久元年（1861年）5月に、マッケンジーが揚子江河畔の都市漢口に移ろうとしたので、グラバーはフランシス・グルームと共同で独立して総代理店を設立、ジャーデン・マセソン商会、デント商会、サッスーン商会の長崎代理店である「グラバー商会」を設立して、貿易業を営むように。

グラバーは最初、日本からイギリスへ日本茶を輸出することに注目、そして生糸、石炭、木綿、毛織商品を手掛けたそう。特に文久3年（1863年）以後、日本産の石炭に着目して購入、輸出しようとしたが、幕末の情勢から薩摩、長州など西南雄藩に対し、武器弾薬や汽船を売るように。

またそのときに坂本龍馬の亀山社中を仲介にしたのは有名で、明治後、亀山社中の後身である海援隊は岩崎弥太郎に引き継がれて三菱財閥の基礎となったため、グラバーと岩崎三菱は関係が深いそう。
グラバーが売った汽船の数は20隻で長崎に輸入された数の30％にあたり、金額は117万6000ドルにもなり、この利益はジャーデン・マセソン商会と二等分に。

当時イギリス公使館付きの医官だったウィリアム・ウィリスは慶応2年（1866年）の私信で、貿易商人グラバーが日本人に武器だの危険極まりない器具だのを供給し、薩摩候はグラバー商会に対し多額の責務があるため、これを利用してイギリス公使パークスの薩摩訪問と会談を実現させたと書き送ったということ。

グラバーは、かなりの数の汽船や武器弾薬を売ったために薩摩の代表者と顔なじみになって関係が深まり、この頃は、海外渡航は禁止で密航になるにもかかわらず、文久3年（1863年）には横浜から、後の初代首相の伊藤博文、初代外相の井上馨、日本工業の祖となる山尾庸三、造幣局長となる遠藤謹助、鉄道庁長官となった井上勝という、イギリスで長州ファイブと呼ばれている長州藩士5人のイギリス留学を手助けし、慶応元年（1865年）には、後年、大阪経済界に重きをなした五代友厚ら薩摩藩士19人のイギリス留学も手助け。

グラバーの援助した留学生たちは、気が付けば明治維新政府を担った重鎮ばかりに。

小菅修船場は、明治元年（1868年）12月に完成した日本初の西洋式ドックで、グラバーと薩摩の小松帯刀清廉や五代友厚らの計画で建造され、翌年、明治政府が買収して、長崎製鉄所の付属施設に。

幕末に長崎の外国系商社から購入した西洋の船舶は、ほとんどが中古船舶で故障が絶えず。そのために大規模な船舶修理場の建設が不可欠となり、グラバーはイギリスから必要な機材を輸入、蒸気機関を動力とする巻揚げ式の装置を使った「深式船架」を制作。当時はその形状からソロバン・ドックと呼ばれたということ。尚、明治4年（1872年）、明治天皇も長崎を訪れて日本最初の巻揚げ装置の作業を見学されたということで、現在は世界文化遺産登録のひとつに。

長崎港口の高島の石炭は元禄8年（1695年）の発見で、高島炭坑の石炭は良質だが、坑道に水があふれると別の坑道探しをする原始的な採炭方法だったために、グラバーは明治元年（1868年）、肥前佐賀藩と契約して高島炭鉱開発に着手、外国の事業所が日本国内で行った最初の共同事業となり、イギリス人技師モーリスを招いて、明治2年（1869年）4月、本村の海岸に近い低地に、日本最初の蒸気機関による竪坑が開坑されたということ。

グラバーはまた、明治になって失業者となった士族の多くをこの炭鉱に雇って仕事を与えるということも視野に入れていたということ。イギリスから当時最先端の技術と機械が導入されたおかげで、この北渓井坑からは、深さ約43メートルも掘り下げられ、日産300トン出炭出来たそう。高島炭坑の経営は順風満帆ではなく、明治5年（1872年）、日本初の本格的な労働争議の労使紛争も勃発したため、明治7年（1874年）1月に官営になったが、11月に後藤象二郎に払い下げられたのちも経営状況は改善しなかったために、グラバーは福沢諭吉と高島炭坑の身売り先の斡旋に奔走。岩崎弥太郎の三菱商会に経営権が移ったそう。

尚、高島炭坑は戦後、経済復興の波に乗って事業が急拡大、昭和43年（1968年）炭坑の人口が1万8000人までになったが、その後はエネルギー源の多様化の中で採算が取れずに1986年に閉山。

日本初のビール生産は、明治維新直後にアメリカ人が造った醸造所ですが、グラバーはその醸造所が売りに出された明治18年（1885年）、食糧輸入商社「明治屋」社長で友人の磯野計と協力し、日本醸造会社ジャパン・ブルワリーを発足させ、国産ビールは3年後から市場に出たということ。グラバーは太宰府天満宮の麒麟像をかなり気に入っていたということで、この国産ビールのラベルには麒麟のモチーフが使われ、後年、社名もキリンビールとなり現在に至っているということ。

旧グラバー邸は文久3年（1863年）、グラバー25歳のときに建設されたL字型バンガローで扇型の屋根をもつコロニアル風邸宅で、現存する日本最古の木造洋館となり、いまや国の指定重要文化財で世界文化遺産に。

昭和14年（1939年）、戦艦武蔵の製造が丸見えになるという理由で、三菱重工業がグラバーの子息から購入、昭和32年（1957年）に造船所発足100年を記念して長崎市に寄贈、以後は長崎観光の名所に。グラバー邸には天井に隠し部屋があるということ。尚、三菱はグラバー邸を買い取ったうえにグラバー関連の資料を集めて封印したので、グラバーに関する資料が極端に少ないという話もあるそう。

プッチーニのオペラ「蝶々夫人」は、1898年に、アメリカのペンシルベニア州フィラデルフィアの弁護士ジョン・ルーサー・ロングが、アメリカのセンチュリー・マガジン1月号に発表した短編小説「マダム・バタフライ」が原作。アメリカの劇作家デーヴィッド・ベラスコの戯曲を歌劇台本化したもので、長崎を舞台に没落藩士令嬢の蝶々とアメリカ海軍士官ピンカートンとの悲恋物語。1904年2月17日にミラノのスカラ座で初演されたということ。

このマダム・バタフライのモデルとして長年、グラバーのツル夫人が有力視されていたということ。理由は、ツル夫人が「揚羽蝶」の紋付を着用し「蝶々さん」と呼ばれ、長崎の旧グラバー邸が長崎湾を見下ろす南山手の丘の上にあるのも物語の設定と一致するからということだが、ロングは日本に来たことがなく、小説にツル夫人の生涯と似ている部分もあるが異なる点も多いことから、モデルではないとの意見もあるそう。